Klinicky se celiakie manifestuje průjmy, malabsorbcí a bolestmi břicha, u dospělých je nejčastějším projevem onemocnění anemie (přibližně u 60- 70% nemocných) a průjmy, které jsou obvykle mírné a intermitentní.
Nemocní s celiakií obvykle reagují na bezlepkovou dietu (zvláště děti a mladiství); v některých případech se ale léčebný efekt může projevit až po 6-12 měsících.
U 1-2% nemocných je bezlepkový režim i po 12 měsících neúčinný nebo po krátkodobém úvodním efektu selhává. V těchto případech se jedná o refrakterní celiakii I. nebo II. typu. Zatímco I. typ je možno ovlivnit kortikoidy a immunosupresivní léčbou, II. typ refrakterní celiakie má těžký průběh a ohrožuje nemocné vývojem ulcerózní jejunitidy (premaligní stadium lymfomů) a nehodgkinových lymfómů zažívacího traktu. V poslední době byly maligní lymfomy v ojedinělých případech popsány i u refrakterní celiakie I. typu.
Zvláštní formu onemocnění představuje tzv. latentní celiakie se serologickou pozitivitou příslušných protilátek a s normálním nálezem v duodenální sliznici.